1、出于子姓，是商王族的后裔，以国名为氏。据《通志·氏族略》载：“唐尧封帝喾之子契于此，传十四世至成汤，灭夏而有天下，以商为国号，后商被灭于周，子孙以国为氏。”相传上古时，帝喾妃子名简狄，误食燕子蛋，而生子名“契”。契长大后，被帝舜任命为司徒，教化民众。后来，因辅佐大禹治水有功，被封在商（今陕西省商县）邑。但他却被赐姓为“子”。直到契的十四代孙汤灭了夏朗，建立了商朝，商朝的王孙贵族才开始以国名为姓氏，称为商氏。而商最终为周所灭后，商姓方从贵族之姓转为庶姓的。

2、出于姬姓，为春秋时卫国公孙鞅之后，以封邑名为氏。据《姓纂》载：“秦有卫鞅，受封于商，子孙氏焉。”春秋战国时期，卫国的公孙鞅投奔秦孝公，在秦国变法图强，有功而被封为商（或上）君，所以又称为商鞅，史称“商鞅变法”。他的后代就有以封地为姓氏，称为商氏。

得姓始祖：子契。商姓出自成汤，可追溯到上古的帝喾高辛氏。唐尧广封诸侯，其中一位兄弟叫作契，被封在陕西省商县一带，号为商国。契的子孙传到了第十四代，就是灭夏而得天下的成汤。所以契一向被奉为姓商的始祖。据传早在契被封于商之时，就已经出现了商姓。根据《遗子先生文集》记载：“自典而降，得姓者十四，契始封商，以子命氏。”另一种说法，根据《通志·氏族略》上记载，商汤被灭于周，后世子孙就以故国号为氏，世称商氏。故商氏后人奉子契为商姓的得姓始祖。

3、相传黄帝的重孙以地名命姓。