虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰 饰）、紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。

在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。

皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。

不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……

虽和五阿哥永琪最终结为连理，但是小燕子丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康、紫薇又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿和萧剑见面。

在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。

皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。

不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……

还珠格格第三部，结局喜庆，每个人皆有所得，皆大欢喜。他们一同前往了世外桃源，过起了自己的小日子，也有留在皇上身边，继续为百姓谋福利的