01. 神奇宝贝，就决定是你了！（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘）

02. 神奇宝贝中心大对决（小霞加入，火箭队登场）

03. 收服神奇宝贝！（小智收服绿毛虫并进化成铁甲蛹， 收服比比鸟）

04. 武士少年的挑战（小智的铁甲蛹进化成巴大蝴）

05. 皮卡丘的决斗！（小刚加入，小智得到灰色徽章）

06. 很多皮皮在这里（小刚收服超音蝠）

07. 华蓝市的水中花（小智得到蓝色徽章）

08. 通向神奇宝贝的擂台之路

09. 神奇宝贝必胜指南

10. 神奇宝贝乡的妙蛙种子（小智收服妙蛙种子）

11. 走失的小火龙（小智得到小火龙）

12. 杰尼龟军团（小智收服杰尼龟）

13. 正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）

14. 电击对决，枯叶道馆（小智得到橙色徽章）

15. 圣安奴号之战

16. 神奇宝贝漂流记！

17. 巨大神奇宝贝之岛

18. 蓝普鲁奇的度假日

19. 玛瑙水母、毒刺水母（小霞收服墨海马）

20. 幽灵神奇宝贝和夏天庙会

21. 巴大蝴再见（小智的巴大蝴离队）

22. 凯西，超能力大决斗

23. 在神奇宝贝塔收服幽灵

24. 鬼斯通对抗超能力（小智得到黄金徽章）

25. 火爆猴，别生气哦!（小智收服火爆猴）

26. 艾莉嘉和臭臭花（小智得到彩虹徽章）

27. 索利柏与神奇宝贝催眠（小霞得到可达鸭）

28. 美容街，饲育家大决斗（小刚得六尾）

29. 格斗神奇宝贝大决斗（小智的火爆猴离队）

30. 小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）

31. 好多地鼠（武藏的阿柏蛇进化成阿柏怪，小次郎的瓦斯弹进化成双弹瓦斯）32. 浅红道馆的忍者决斗（小智得到粉红徽章）

33. 火焰的神奇宝贝大赛跑

34. 袋龙的摇篮曲

35. 迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）

36. 暴风雨的单车路

37. 百变怪跟模仿少女

38. 皮卡丘的森林（原本是电脑战士3D龙）

39. 伊布四兄弟

40. 醒来吧！卡比兽！

41. 神奇宝贝道馆的决斗

42. 椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）

43. 派拉斯跟派拉斯特

44. 胖丁唱歌吧

45. 复活？化石神奇宝贝（小智的火恐龙进化成喷火龙，得到蛋）

46. 吉利蛋的病历簿

47. 卡蒂狗跟小次郎

48. 大葱鸭的鸭

49. 波克比是谁的呢（小霞得到蛋孵化成的波克比）

50. 妙蛙种子的不思议花园

51. 激斗！神奇宝贝娃娃节（武藏收服大舌头）

52. 儿童节全员大集合

53. 警犬卡蒂狗

54. 按快门的机会是皮卡丘

55. 神奇宝贝鉴定考

56. 抚养家的秘密（亚马多、小三郎登场，小次郎的口呆花进化成大食花）

57. 燃烧吧！红莲道馆

58. 决战红莲道馆 （小智得到深红徽章）

59. 水箭龟之岛

60. 华蓝道馆，水中战斗（小霞把墨海马和宝石海星存在道馆）

61. 皮皮对抗胖丁

62. 常磐道馆，最后的徽章（小智得到绿色徽章）

63. 神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶（小智的妈妈得到吸盘魔偶）

64. 迷唇姐的圣诞节

65. 用大岩蛇露营

66. 宿敌大决斗，大木研究所

67. 当呆呆兽变成呆河马的时候（武藏收服大舌贝，本集结束后大舌贝离队）

68. 踏浪皮卡丘的传说

69. 植物园的臭臭花

70. 神奇宝贝电影

71. 喵喵之歌

72. 四天王希巴登场

73. 激烈冲突 超古代神奇宝贝

74. 嘎啦嘎啦的骨头棒

75. 开火！神奇宝贝联盟开幕式

76. 神奇宝贝联盟开幕！水之场地（小智的大钳蟹归队，小智的大钳蟹进化成巨钳蟹）

77. 冰之场地 火炎之战

78. 草之场地 意外的强敌

79. 劲敌登场（阿弘登场）

80. 石英运动场VS阿弘（小智止步石英大会前16强）

81. 神奇宝贝联盟 最后战斗神奇宝贝皮卡丘橘子联盟

82. 真新镇，新的开始（比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）

83. 飞行船是不幸船

84. 南国神奇宝贝与GS球（小刚离队）

85. 拯救乘龙（小建加入，小智得到乘龙）

86. 橘子联盟 夏干道馆 （小智得到樱花徽章）

87. 消失的神奇宝贝之谜

88. 水晶大岩蛇

89. 粉红神奇宝贝之岛

90. 化石盔化石的秘密

91. 跳吧！神奇宝贝豪华油轮

92. 再见可达鸭，又来哥达鸭

93. 航海的乔伊，破浪前进吧

94. 奈普鲁道馆，雪山之战 （小智得到白浪徽章）

95. 大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）

96. 幽灵船跟幽灵神奇宝贝

97. 喵喵之岛

98. 飞天螳螂，战士的尊严 （小建收服飞天螳螂）

99. 南方之岛，全员大集合

100. 四天王科拿，冰之战斗

101. 尼多朗的恋爱故事

102. 大平原的小磁怪

103. 地下道的怪物

104. 柚子道馆类型格斗三比三 （小智得到轮宝徽章）

105. 皮卡丘对抗喵喵

106. 喷火龙，就决定是你了！

107. 灭火大战，杰尼龟对抗卡咪龟

108. 燃烧吧！卡比兽！

109. 鲤鱼王进化的秘密

110. 接棒决斗！最后的道馆！（小智得到琉璃徽章）

111. 蚊香蝌蚪和小霞 （小霞得到蚊香蝌蚪）

112. 胜利者杯，全员大对决

113. 最后战斗，快龙登场 （小智得到橘子联盟胜利者杯）

114. 再见了乘龙（乘龙离队）

115. 顽皮蛋大爆炸

116. 真新镇，我回来了 （小刚归队）

117. 宿敌对决，小智对抗小茂（小建离队