长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下……中宗隐密下令.让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去，此时传来中宗驾崩的消息，各地已经张贴逮捕长今的布告...多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。

连生向皇后禀报得知长今的消息.皇后立即恢复两人身分，请两人回到宫廷，长今与多年不见的友人相见，喜极流泪。

大长今大结局：

长今和闵政浩成为了夫妻，还生了一个女儿。 皇上死后，世子继位不长时间就因病死了，结果皇后的亲生儿子继承皇位，皇后也就成为了太后，连生被皇后特别准许留在宫内生活。

长今（李英爱 饰）出生在一个贱民家庭，他的父亲徐天寿原来当年曾是内禁卫军官，奉命赐予废太后允氏毒药，随后允氏的儿子燕山君登基继位，天寿为了保全自身，辞官而去。天寿在途中救了长今母亲，两人结为连理，隐姓埋名。岂料皇上燕山君如今欲为母报仇，下令追捕所有当年参与杀死允太后的人，长今母亲逃难路上不幸丧命，临终前嘱咐长今进宫。失去了父母的小长今幸得宫中熟手姜德久一家收留，并在他的安排下进入了宫中御厨房做工，开始了她漫长的宫中历程。

韩尚宫（梁美京 饰）非常照顾聪明好学的小长今，然而崔尚宫却因为与韩尚宫的不和而对长今处处刁难，每次在崔尚宫的设局陷害下，长今都以自己的蕙质兰心和坚持不懈一一化解，然而她母亲的身世秘密却逐渐浮出水面，还有更大的困难挡在长今的面前。